Центр экологической культуры создан в 2005 году по решению администрации муниципальной библиотечной системы города Северодвинска на базе отдела естественно-технической литературы Центральной библиотеки им. Н.В. Гоголя.
С 2006 года руководитель Центра экологической культуры является членом координационного Совета по вопросам организации мероприятий по охране окружающей среды при Администрации муниципального образования «Северодвинск».